Pekarski commence ses études de percussion à l’âge de treize ans avec Sergueï Koldobine, percussionniste à l’ensemble de chants et de danses. Puis il continue ses études au collège Gnessine avec Vladimir Fedine et à l’Institut Gnessine avec Vladimir Steiman, percussionniste du Théâtre Bolchoï.
Sa carrière commence à l’orchestre de la radio et en 1965, invité par Andrei Volkonski, Pekarski devient membre de l’ensemble Madrigal.
De 1997 il enseigne au Conservatoire de Moscou à la faculté de performance historique et contemporaine.
Pekarski possède une grande collection des percussions rares qu’il introduit de temps en temps à son ensemble. Il a écrit certaines compositions pour percussions ainsi que plusieurs articles et un livre consacré à Andrei Volkonski.