Découvert par Gérard Mortier, Morris est engagé avec sa compagnie comme chorégraphe en résidence de 1988 à 1991 au Théâtre de la Monnaie à Bruxelles, à la suite du départ de Maurice Béjart. Durant cette période, il crée L'Allegro, il Penseroso ed il Moderato (musique de Haendel, 1988), Dido and Aeneas (musique de Purcell, 1989) et The Hard Nut (une version décoiffante du Casse-noisette de Tchaïkovski, 1991). Chorégraphe fécond (plus de 100 ballets à son actif) mais controversé à Bruxelles, fréquemment sifflé et hué, sa dernière saison est ponctuée par un « Mark Morris, go home ! » titré par le quotidien Le Soir. Il n'en demeure pas moins une figure importante de la danse contemporaine américaine.