Le , elle épouse Baudouin VI de Hainaut (1171 † 1205). À la mort de son père Baudouin V, Baudouin entre en conflit avec le roi de France, Philippe Auguste. Marie intervient alors et s’entremet entre son mari et le roi de France, son oncle. Son intervention débouche sur la conférence de Péronne en , où les deux parties arrivent à un accord : le roi conserve les terres au-delà du Fossé-Neuf, tandis que Baudouin IX garde ou recouvre Douai, Ardres, Lillers, La Gorgue, Richebourg, Aire, Saint-Omer, l’avouerie de Béthune et l’hommage du comté de Guînes.
En 1202 Baudouin quitte la Flandre pour se joindre à la quatrième croisade. Ayant récemment donné naissance à Marguerite, leur deuxième fille et n'étant pas suffisamment rétablie, Marie n'est pas en état de prendre part à la croisade. Elle décide de rejoindre plus tard son mari et embarque à Marseille ou l'attend la flotte flamande commandée par Jean de Nesle, seigneur de Bruges. Elle débarque à Acre, où elle reçoit l'hommage de Bohémond IV d'Antioche[1]. Là elle apprend que la croisade a été détournée vers la ville chrétienne de Constantinople, capitale de l'Empire byzantin. Après la prise et le saccage de la ville, les croisés décident de créer un empire latin à la place de l'Empire byzantin. Le les électeurs élisent Baudouin empereur latin de Constantinople[2]. La nouvelle impératrice décide de rejoindre son mari à Constantinople, mais tombe malade et décède le .
La nouvelle de sa mort parvient à Constantinople par des renforts croisés en provenance de Syrie. L'historien Geoffroi de Villehardouin rapporte que Marie était une dame aimable, vertueuse et très honorée[3].
