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De plus, il préside l'Institut de la prospective, dont il impulse la création, et le LIP.
En sa qualité de président du Conseil national de la recherche scientifique et technologique (JNICT) entre 1986 et 1989, il est responsable de la mise en place du Plan de mobilisation pour la science au Portugal.
En 2004, il est élu président de l'Initiative pour la science en Europe (ISE), une plate-forme qui regroupe les plus grandes sociétés, laboratoires et autres institutions scientifiques européens.
Enfin, il préside l'International Risk Governance Council (IRGC), une fondation internationale pour la gestion des risques publics basée à Genève.
Au cours de ses deux mandats consécutifs, il dynamise, aussi bien au Portugal avec Ciência Viva, que dans l'Union européenne, les initiatives en faveur de la culture scientifique et technologique.
Durant la présidence portugaise de l'Union, en 2000, il assure la préparation de la stratégie européenne pour la société de l'information, la science et la technologie avec la Commission européenne.
Les socialistes ayant perdu les législatives anticipées du , Mariano Gago quitte le gouvernement le 8 avril suivant.
Il y revient cependant le , lorsqu'il est nommé ministre de la Science, de la Technologie et de l'Enseignement supérieur par le nouveau Premier ministreJosé Sócrates. Il est remplacé le par Nuno Crato.
Décès
Son décès est annoncé le , à l'âge de 66 ans, à Lisbonne des suites d'un cancer[1]. De nombreux hommages lui sont rendus par la communauté scientifique et la classe politique : António Guterres parle de la « perte irréparable » d'un « grand et cher ami », tandis que le Premier ministre Pedro Passos Coelho parle de « l'empreinte » qu'il a laissé sur le « système scientifique et technologique national » et de son « rôle pionnier dans le développement du système scientifique portugais »[2].
