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En juin 2007, il a rejoint pour quatre ans le club français de l'AJ Auxerre. Il est la première recrue du mercato auxerrois. Son transfert est estimé à 2,2 millions d'euros. Santos était également convoité par le SM Caen[1],[2].
Marcos Antonio est le premier, et pour l'instant le seul Brésilien à evoluer sous les couleurs auxerroise[3]. Il joue peu et n'est pas convaincant ; il est donc prêté la saison suivante en Grèce, au PAOK Salonique[4], où il jouera 12 matches et inscrira 1 but.
Il est touché en milieu de saison par un cancer de la gorge décelé quelques mois plus tard[3].
En , il retourne au Portugal en signant à Belenenses. A l'été 2010, il rejoint le Rapid Bucarest.
En juin 2012, arrivé en fin de contrat au Rapid Bucarest, il signe un contrat de deux ans avec Nuremberg[5]. Pour son premier match en Bundesliga, il est remplacé après seulement seize minutes de jeu, s'étant rendu coupable de deux erreurs dont une entraînant un but contre son équipe[6].
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