En 1635, Kalinowski devient le premier voïvode de voïvodie de Czernihów. En 1646, il est nommé hetman de la Couronne. Pendant le soulèvement de Khmelnytsky, il est capturé par les Tatars à la bataille de Korsoun en 1648 et libéré contre rançon en 1650. Le , il commande l'armée polonaise victorieuse à la bataille de Kopyczyńce(en) contre les forces cosaques et tatares sous chef d'Asand Demka. Il commande ensuite l'aile droite de l'armée polonaise à la bataille de Berestechko.
À la mort du grand hetman Mikołaj Potocki, son adversaire politique et personnel, Marcin Kalinowski conduit les opérations militaires en Ukraine. À la bataille de Batoh(en), son armée est encerclée. Le , dernier jour de la bataille, les Cosaques et les Tatars incendient le camp polonais. Kalinowski parvient à s'échapper, mais il est rattrapé quelques kilomètres plus loin et exécuté. Les meilleurs éléments de l'armée polonaise sont faits prisonniers et aussitôt massacrés.
Mariage et descendance
Marcin Kalinowski épouse Helena Korecka qui lui donne un fils :