Après vingt-six secondes de silence en l'honneur des victimes de la tuerie de l'école primaire Sandy Hook, le Marathon de Boston de 2013 a débuté avec cinquante-trois concurrents en chaises roulantes en partant de Hopkinton à 9:17 EDT. A 9:30, cinquante-et-une athlètes chez les femmes ont pris le départ suivi par les hommes à 10 h. Les concurrents restants sont partis en vagues successives durant les quanrante minutes suivantes. Au total, 24 662 coureurs ont pris le départ du Marathon de Boston. La température au début de la course était aux alentours de 4 °C et a grimpé jusqu'à 12 °C à la fin de la course.
Chez les hommes, l’Éthiopien Lelisa Desisa a battu au sprint deux autres coureurs. C'est sa première victoire à Boston et seulement son deuxième Marathon. Desisa a gagné 150 000 dollars et une couronne d'olivier. Son temps de 2 heures, 10 minutes et 22 secondes le sépare de deux secondes du deuxième, le Kényan Micah Kogo. L’Éthiopien Gebre Gebremariam arrive troisième avec 6 secondes supplémentaires. L'Américain Jason Hartmann a fini quatrième pour la deuxième année consécutive.
La Kényane Rita Jeptoo l'a emporté chez les femmes dans un temps de 2 heures, 26 minutes et 25 secondes. C'est sa seconde victoire à Boston, l'autre ayant eu lieu en 2006, et sa première victoire majeure depuis. Elle a fini trente-trois secondes devant l’Éthiopienne Meseret Hailu qui a pris la seconde place. La Kényane Sharon Cherop est arrivée troisième, trente-six secondes après la première. L'Américaine Shalane Flanagan est arrivée quatrième. Jeptoo est la troisième Kényane à avoir remporté de manière consécutive ce marathon. Les Est-Africaines ont gagné dix-sept des dix-neuf dernières courses.
Le à 14 h 50, la course est arrêtée par deux explosions près de la ligne d'arrivée, à environ dix secondes d'intervalle. Au moins trois personnes ont été tuées et plus de cent quatre-vingts autres ont été blessées.
