Mendes étudia la musique à l'école d'Évora pendant son enfance. Plus tard, il fut nommé maître de chapelle à la cathédrale de Portalegre mais revint à Évora pour recevoir son diplôme en 1575. C'est à cette période qu'il devint enseignant. Ses élèves comptent parmi les compositeurs portugais les plus célèbres du XVIIe siècle (comme Duarte Lobo, Manuel Cardoso, Filipe de Magalhães ou Manuel Rebelo). Il meurt en 1605 à Évora.
