Universitaire, il adhère au PSOE quand celui-ci se trouve toujours dans la clandestinité. Dès , il est élu député de Ciudad Real au Congrès des députés. Il devient secrétaire d'État aux Affaires européennes cinq ans plus tard.
Il est choisi en pour intégrer la Commission européenne à la suite de l'adhésion de l'Espagne à la CEE. Il intègre l'exécutif communautaire en , avec le titre de vice-président qu'il conserve 13 ans. Sur la même période, il est successivement commissaire aux Affaires sociales, puis commissaire au Développement et enfin commissaire aux Relations extérieures. Il est considéré comme étant le fondateur du programme européen Erasmus[3].
Il revient à la politique espagnole dès , comme député de Ciudad Real. Après les élections de , il est élu au poste de président du Congrès des députés. Ne se représentant pas en , il se retire de la vie politique.
Le , il devient président de la fondation Iberdrola.
Activité politique
Les débuts en Espagne
Lors de son passage en Belgique, Manuel Marín entre en contact avec des membres du Parti socialiste ouvrier espagnol, qui se trouve alors dans la clandestinité. Il y adhère en .
Il obtient un troisième mandat lors des élections législatives anticipées du . Il est nommé le suivant secrétaire d'État aux Relations avec les Communautés européennes. Il participe alors à la phase finale des négociations d'adhésion de l'Espagne, qui s'achèvent le par la signature du traité d'adhésion. Il devient secrétaire d'État aux Communautés européennes en suivant.
Quand le Luxembourgeois Jacques Santer prend la suite de Delors et constitue sa Commission, Marín est choisi comme premier vice-président et commissaire aux Relations extérieures avec le Sud de la Méditerranée, l'Amérique latine et le Moyen-Orient. Il est alors le plus ancien commissaire européen en fonction, étant le dernier membre de la Commission Delors I encore en fonction.
Président de la Commission par intérim
Le collège des commissaires annonce sa démission le , après avoir été mis en cause par le Parlement européen pour des affaires de mauvaise gestion budgétaire et de népotisme. Dès le lendemain, le Conseil européen acte que Manuel Marín occupe par intérim le poste de président de la Commission européenne. La Commission Marín constitue alors une réplique exacte de la Commission Santer, le nouveau chef de l'exécutif communautaire conservant ses fonctions de commissaire.
Il cède ses fonctions le à l'Italien Romano Prodi. Il n'est alors pas reconduit dans la Commission que constitue ce dernier, les socialistes espagnols ayant proposé Pedro Solbes pour siéger au sein du collège des commissaires. Solbes était déjà son successeur comme secrétaire d'État, 14 ans plus tôt.
Élu au Congrès des députés à l'occasion du scrutin, il est réélu au moment des législatives du , remportées par le PSOE. Le suivant et à la suite d'un accord avec les partis minoritaires, il est élu Président du Congrès des députés. Il reste à ce jour le seul à avoir appliqué une mesure d'expulsion à l'encontre d'un autre député, en l'occurrence Vicente Martínez-Pujalte, du Parti populaire, qu'il avait rappelé à l'ordre par trois fois.
Le , Manuel Marín annonce qu'il se retire de la vie politique, et qu'il prend la présidence d'une fondation du géant basque de l’énergie Iberdrola consacrée à la lutte contre le changement climatique.
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