En 2021, fort de l’expérience acquise durant la saison précédente et des performances montrées à son écurie, Malthe Jakobsen poursuit son engagement avec l'écurie britannique RLR Msport afin de participer au championnat European Le Mans Series, toujours au volant d'une Ligier JS P320 dans la catégorie LMP3[5]. La saison commence par une 2e place lors des 4 Heures de Barcelone mais une multitude d'accidents durant la saison dont des sorties de piste causées par d'autres voitures ont fait que l'équipage n'a pu rejoindre l'arrivée en trois occasions[6]. En fin de saison, Malthe Jakobsen a l'occasion de participer à sa première course dans le championnat américain WeatherTech SportsCar Championship où il rejoint l'écurie américaine Performance Tech Motorsports afin de participer au Petit Le Mans dans la catégorie LMP3[7].
