Échangé aux Royals de Kansas City vers la fin de la saison 1984 après avoir passé toute la saison en ligues mineures[4], il apparaît dans quatre matchs de son nouveau club. Il joue son dernier match en Ligue majeure le , lors de sa seule partie avec les Rangers du Texas.
En 9 ans, Luis Pujols dispute 316 matchs dans le baseball majeur, dont 311 pour Houston. Sa moyenne au bâton s'élève à ,193. Il compte 164 coups sûrs, dont 27 doubles, 6 triples et 6 circuits, avec 50 points marqués, 81 points produits et un but volé.
Carrière d'instructeur
Expos de Montréal
En 1993, Luis Pujols devient instructeur de premier but des Expos de Montréal, alors dirigé par Felipe Alou. C'est le début d'une longue association entre les deux compatriotes, qui travailleront ensemble avec 3 clubs des majeures ainsi qu'avec l'équipe de baseball de leur pays. Instructeur au premier but jusqu'en 1999, Pujols est instructeur de banc aux côtés d'Alou en 2000 mais est congédié le en compagnie de l'instructeur des lanceursBobby Cuellar, pour être remplacé dans son rôle par Jeff Cox[5].
Tigers de Détroit
Pujols passe aux Tigers de Détroit en 2001 et est manager de leur club-école de niveau Double-A, les SeaWolves d'Érié dans la Ligue Eastern[6]. En 2002, il est nommé instructeur de banc auprès du gérant des Tigers Phil Garner. Ce dernier est cependant congédié après seulement six matchs, tous perdus par l'équipe. Pujols est alors nommé gérant[7]. Il signe un contrat d'un an qui en fait officiellement le gérant des Tigers et il engage immédiatement Felipe Alou pour être son adjoint sur le banc[8],[9].
Détroit perd ses six premiers matchs après le changement de direction. Pujols savoure sa première victoire le sur les Devil Rays de Tampa Bay[10]. Le , Détroit visite les Royals de Kansas City dirigés par Tony Peña : c'est la première fois de l'histoire des majeures que deux clubs dirigés par des Dominicains se font face[11]. Mais les Tigers, qui ne connaissent pas une seule saison gagnante de 1994 à 2005, traversent les années les plus difficiles de leur franchise. Ils terminent la saison 2002 avec seulement 55 victoires et 106 défaites, la pire fiche des majeures. Les 55 gains sont remportés sous les ordres de Pujols, qui assiste à 100 défaites de ses joueurs. Pujols est congédié après la saison[12]. Il cède sa place à Alan Trammell, qui dirigera à Détroit l'un des pires clubs de l'histoire du baseball en 2003.
Giants de San Francisco
Felipe Alou est nommé gérant des Giants de San Francisco pour 2003. Luis Pujols est l'instructeur de premier but du club jusqu'en 2006[13].