L’année 1999 est sa saison la plus riche : championne du monde de façon surprenante en salle à Maebashi sur 800 mètres, elle réalise l'exploit de battre la Mozambicaine Maria Mutola, avec un très bon chrono de 1 min 56 s 90. On croit alors à un feu de paille.
L'été venu, les médias se focalisent sur le duel entre Maria Mutola et Svetlana Masterkova. Oubliée lors de la finale des Championnats du monde d'athlétisme 1999 à Séville, la Tchèque réédite son exploit du Japon, en battant au finish les deux favorites pour s'adjuger le titre mondial en 1 min 56 s 68. C’est son ultime succès : blessée, la Tchèque s'écarte des pistes à partir des Jeux olympiques de 2000 et en 2001[1].