Il étudie à l'Académie protestante de Saumur sous Moïse Amyraut, dont « l'universalisme hypothétique » a été vivement contesté par Tronchin l'aîné. Il devient pasteur de la congrégation de Lyon en 1656 ; et professeur de théologie à l'Académie de Genève en 1661, poste dans lequel il représente le courant libéral et prône la tolérance. En 1669, il demande l'abolition du serment imposé à tous les candidats [en théologie], de ne tenter aucune innovation dans la doctrine calviniste.