Pour les élections législatives de 1946, il figure sur la liste du MRP à la 3e place mais en position éligible. Il est élu député de l'Isère le . La liste MRP réunit 83 414 voix sur 243 662 suffrages exprimés et obtient 3 élus (Henri-Louis Grimaud, Jean Terpend-Ordassière et Louis Bonnet), la liste du PCF la talonne en capitalisant 82 020 voix soit 2 élus (André Dufour et Paul Billat), celle de la SFIO obtient 42 651 suffrages soit 1 élu qui est Lucien Hussel, et le dernier siège revient à Joseph Garavel pour la liste RGR qui compte 33 086 voix.
Louis Bonnet s'inscrit au groupe MRP à la Chambre des députés, et siège pendant toute la durée de la législature à la Commission du travail et de la sécurité sociale, dont il sera élu secrétaire en 1946. C'est un député très actif et qui est aussi prolifère, autant comme auteur de propositions de loi ou de résolution que comme rapporteur de sa commission ou comme intervenant dans les débats, il est particulièrement attentif sur les questions de retraites, de droit du travail et de conventions collectives ; tout en n'oubliant pas les propres problèmes de l'Isère comme les inondations de ou la catastrophe des mines de l'Herpie en .
