La FN06 remplace la Lola B3/51 dont l'utilisation était imposée aux concurrents de Formula Nippon entre 2003 et 2005. Son introduction en 2006 correspond avec l'ouverture à la concurrence de la fourniture des moteurs (Honda et Toyota se disputant un marché auparavant réservé à Mugen Motorsports).
Suivant le règlement, les blocs utilisés sont d'une cylindrée de 3 litres et développent autour de 550 chevaux à 13 500 tr/min. Ces caractéristiques situent la Lola FN06 à un niveau proche des monoplaces utilisées en Europe en GP2 Series ou la Formule Renault 3.5 des World Series by Renault.
À compter de la saison 2009, la Lola FN06 est remplacée dans le championnat par la FN09, conçue par le constructeur américain Swift Engineering.
