La ville est située dans le sud de la Frise, en bordure de l'IJsselmeer et à la limite avec la commune de Noordoostpolder, dans la province du Flevoland.
Lemmer est la principale localité et le chef-lieu de la commune de Lemsterland avant le , date à laquelle celle-ci fusionne avec Gaasterlân-Sleat et Skarsterlân pour former la nouvelle commune de De Friese Meren, devenue De Fryske Marren en 2015.