La mère de Lara Flynn Boyle, l'actrice Sally Boyle (qui a aussi joué dans un film de David Lynch), assez pauvre, doit faire front en cumulant trois emplois simultanés tout en élevant sa fille, ce qui développe un lien très fort entre elles, qui les unit encore aujourd'hui. Durant son enfance, Lara a aussi des difficultés avec l'apprentissage de la lecture, peut-être dues à une certaine dyslexie[1].
Lara Flynn Boyle se marie à John Patrick Dee III le ; elle divorce en 1998. De 1999 à 2001, elle est l'amie intime de l'acteur Jack Nicholson. Elle a aussi eu une relation avec l'acteur Kyle MacLachlan, son partenaire dans la série Twin Peaks.
En 2012, elle pratique plusieurs opérations de chirurgie esthétique[2] qui suscitent de nombreuses réactions de la part du grand public.
