Les langues sabahanes sont souvent présentées comme étant apparentées aux langues philippines et formant un groupe philippines-bornéo. L'un des arguments est le passage du proto-austronésien *R à *g.
Cette parenté est rejetée par Blust sur la base de plusieurs arguments. Le passage de *R à *g, commun aux langues philippines, ne s'est pas produit dans toutes les langues sabahanes. De mêmes les traits morphosyntaxiques de ces langues ne les relient pas particulièrement au groupe philippin, puisqu'ils se trouvent aussi dans d'autres langues austronésiennes, telles que les langues formosanes, le malgache ou le chamorro.
(en) Adelaar, Alexander, The Austronesian Languages of Asia and Madagascar: A Historical Perspective, The Austronesian Languages of Asia and Madagascar, pp. 1-42, Routledge Language Family Series, Londres, Routledge, 2005, (ISBN0-7007-1286-0)