Les biologistes pensent que cette caverne pourrait être « la maison » d'un écosystème inconnu. Ils font venir un groupe de plongeurs américains pour les aider à explorer ces profondeurs : Jack (Cole Hauser) et son frère Tyler (Eddie Cibrian), explorateurs professionnels à la recherche de frissons qui dirigent l'une des meilleures équipes dans le monde.
Ils arrivent en Roumanie avec leur équipement dernier cri comprenant un nouveau type de réservoir de scaphandre permettant de rester en plongée jusqu'à vingt-quatre heures. Le groupe commence immédiatement son exploration. Mais ce qu'ils trouvent à l'intérieur n'est pas simplement un nouveau milieu souterrain mais aussi une chaîne alimentaire inconnue comportant une espèce très dangereuse à son sommet.
Fiche technique
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L'histoire du film est librement inspirée d'un fait scientifique authentique : la découverte d'une grotte étonnante par le spéléologueroumainCristian Lascu, en Roumanie en 1986. C'est la grotte de Movile. Elle est restée isolée du monde extérieur pendant près de 5 000 000 d’années et a conservé une faune et une flore propres dont la plupart des représentants sont inconnus sur Terre. Cette faune et cette flore vivent dans une atmosphère parfaitement délétère composée essentiellement de soufre. Cristian Lascu était engagé comme consultant sur le tournage du film.
La Crypte est le premier long métrage de Bruce Hunt, qui s'était auparavant illustré en tant que réalisateur de spots publicitaires et d'assistant sur le tournage de la trilogie Matrix.
Gary Lucchesi, coproducteur du film, déclare que[Quand ?] : « le scénario m'a fait penser à Alien, le huitième passager ! Je l'ai trouvé sophistiqué, terrifiant, mais aussi remarquablement crédible ».