Il attaque sa carrière en senior en 2002 avec le HK Bled dans la Ligue Slovène[1]. Une saison plus tard, il rejoint le HK Triglav. En 2009, il intègre intègre l'effectif du Jesenice qui évolue parallèlement dans l'EBEL. Il est membre de l'équipe championne de Slovénie en 2010.
Klemen Pretnar a notamment gagné l’Extraliga (première division slovaque) à plusieurs reprises avec Banska Bystrica et Kosice et le championnat de première division polonais.
Après son titre en championnat polonais il est recruté en 2021 par les Gothiques d’Amiens avec qui il termine la ligue Magnus à la 6e place. Lors de cette saison il est repéré par le Starbulls de Rosenheim qui cherchent à renforcer leur effectif pour assurer leur retour en 2e division allemande. En avril 2023, à la suite de finales de playoffs en Oberliga contre les Blue Devils de Weiden, il atteint cet objectif et remonte en DEL 2 avec son club bavarois.
Carrière internationale
Il représente la Slovénie au niveau international. Il a participé aux sélections jeunes.