Il a été détruit à plusieurs reprises par des éruptions volcaniques[1].
Le sanctuaire de Kirishima est censé avoir été construit à l'emplacement où Ninigi-no-Mikoto descendit des plaines célestes sur la Terre, afin d'y régner conformément au mandat attribué par Amaterasu Omikami, ce qui explique que ce sanctuaire bénéficie de liens étroits avec la famille impériale et l'Agence impériale.