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En sélection
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Khalfan Mubarak reçoit sa première sélection en Émirats arabes unis le 3 juin 2016, en amical contre la Jordanie (défaite 1-3). Il inscrit son premier but en équipe nationale le 10 janvier 2019, contre l'Inde. Ce match gagné 2-0 rentre dans le cadre de la Coupe d'Asie des nations 2019. Mubarak joue quatre matchs lors de cette compétition[2].