En 1996, il se présente à la Chambre des représentants des États-Unis, dans le 8e district du Texas au nord de Houston. Au printemps, il remporte la primaire républicaine face à Gene Fontenot[2]. Cependant, la carte du district est modifiée quelques mois avant les élections par une décision de justice, qui annule les primaires et met exceptionnellement en place des élections à deux tours[3]. Brady arrive en tête du premier tour avec 41,5 % des voix devant Fontenot (38,9 %) et deux candidats démocrates[4]. Soutenu par l'establishment républicain, il est élu représentant face à Fontenot, candidat de la droite chrétienne[3],[5].
En 1998, 2000 et 2002, il est réélu avec plus de 90 % des suffrages face à des candidats libertariens. De 2004 à 2012, il est reconduit à son poste tous les deux ans avec plus de deux tiers des voix. En 2014, il remporte 89,3 % des suffrages face au libertarien Ken Petty[4].
Lors du 113e congrès, il est à la tête de la commission sur l'économie commune au Sénat et à la Chambre[1]. Après l'élection de Paul Ryan au poste de speaker, il est préféré à Pat Tiberi pour prendre la présidence du Ways and Means Committee de la Chambre des représentants, qui s'occupe notamment des questions fiscales[6].
Au printemps 2016, Brady affronte trois adversaires républicains ultraconservateurs[7], qui l'estiment déconnecté des électeurs texans[8]. Il remporte la primaire républicaine avec 53 % des suffrages et évite un second tour incertain[7]. Il est réélu sans opposition lors de l'élection de novembre 2016.