Il joue en universitaire chez les Baylor Bears où il enregistre une moyenne au bâton de .333, héritant du Johnny Bench Award récompensant le meilleur receveur au bâton sur l'ensemble du pays. Il est également désigné comme le joueur de l'année 2001 en Big 12 Conference et nommé parmi l'équipe première des All-American la même année.
Il est transféré des Red Sox chez les Indians le 27 janvier2006[2]. Il prend part à 41 parties avec les Indians en 2006 pour 110 présences au bâton pour une moyenne de .245. En 2007, Shoppach compte 59 parties jouées pour une moyenne de .261. Il est la doublure de Víctor Martínez, mais ces deux joueurs font parfois partie de l'alignement partant, Martínez évoluant alors en première base. En 2008, la longue blessure de Víctor Martínez permet a Kelly Shoppach d'évoluer comme titulaire au poste de receveur.
Le , Kelly Shoppach signe un contrat d'un an pour 1,35 million de dollars avec les Red Sox de Boston[4]. Il frappe pour ,250 avec 5 circuits et 17 points produits en 48 matchs pour Boston.
Mets de New York
Les Red Sox transfèrent Shoppach aux Mets de New York le [5] en retour du lanceurPedro Beato[6]. Il ne frappe pour ,203 en 28 parties chez les Mets, pour compléter 2012 avec cinq circuits, 17 points produits et une moyenne au bâton de ,233 en 76 matchs pour Boston et New York.