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Lors de la campagne de 1805, il était Feldmarschalleutnant et commandait le Corps de réserve. Il était responsable des ponts du Danube à l'extrémité est de Vienne, qu'il devait démolir pour éviter qu'ils ne tombent intacts entre les mains des Français. Le 13 novembre, les maréchaux français Murat et Lannes, arrivant de Vienne qui venait de tomber aux mains des Français, s'emparèrent du pont de Thabor et d'une grande partie du corps de réserve grâce à une ruse audacieuse, faisant croire au général Auersperg qu'un armistice venait d'être signé. Le passage du Danube assurait ainsi le succès des armées françaises : le décor était planté pour Austerlitz[style à revoir][réf. nécessaire].
Auersperg fut par la suite traduit en cour martiale, reconnu coupable de négligence et déchu de son grade et de ses honneurs. Gracié en 1812, il resta à la retraite jusqu'à sa mort en 1822[réf. nécessaire].