Karel Nepomucký commence le football au Dynamo Prague avec qui il dispute sa première rencontre en 1952. En championnat, il joue avec le Dynamo Prague et le Dukla Pardubice, où il prend part à 194 rencontres de championnat, pour 38 buts inscrits. Il est finaliste de la Coupe de Tchécoslovaquie en 1963.