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Issu d'une famille italienne installée en Pologne au XVIIIe siècle[2], il est élève du lycée de Varsovie, où enseigne Nicolas Chopin, puis étudie le droit à l'université de Varsovie, tout en suivant les cours de Joseph Elsner au Conservatoire, en même temps que Frédéric Chopin.
Il quitte le royaume de Pologne après l'échec de l'insurrection de 1830-1831, à laquelle il a participé, et s'installe successivement à Hambourg, à Paris (1832), à Londres (1833-1835), à Paris (1835-1844), à Cuba et aux États-Unis (1844-1851), puis de nouveau à Paris jusqu'à sa mort.
Durant les années 1835-1841, il est proche de Chopin ; pendant que celui-ci est à Majorque avec George Sand (1838-1839), Julian Fontana assure les relations avec les éditeurs de musique ; par la suite, Chopin l'introduit dans le salon de George Sand à qui il dédia plusieurs de ses œuvres.
Notice biographique (en polonais) sur le site du Narodowy Instytut Fryderyka Chopina (NIFC) [cette page donne 1865 comme année de décès, mais le tombeau indique bien 1869]