Actif dans le cirque blanc depuis l'hiver 2007-2008, Juho Mikkonen fait ses débuts individuels en Coupe du monde en à Lahti. En 2009 et 2010, le Finlandais court les Championnats du monde junior, signant comme meilleur résultat une quatrième place sur le sprint en 2010 à Hinterzarten.
Il est sélectionné pour les Jeux olympiques de Sotchi, participant uniquement au sprint disputé en style libre. Il est éliminé en qualifications avec le 43e temps.
En 2014, il marque aussi ses premiers points en Coupe du monde en terminant dixième du sprint de Toblach. Ensuite, lors du Nordic Opening 2014-2015, il signe son meilleur résultat en carrière en se classant quatrième de la finale du sprint libre à Lillehammer. En 2016, il devient champion de Finlande pour la première fois sur le sprint. Durant la saison 2018-2019, il remporte la course marathon Finlandia-hiihto.
Lors de la saison 2020-2021, il enregistre son meilleur classement général en Coupe du monde avec le 68e rang et honore sa première sélection pour des championnats du monde à Oberstdorf, où il se classe deux fois 43e notamment et 57e du sprint, à l'issue duquel il confirme être fatigué de sa saison[1]. Il prend sa retraite sportive à l'issue de cet hiver[2].
Sa femme est la fondeuse à succès Kerttu Niskanen, qu'entraîne depuis 2019[3].
