Son nom vient de celui de la rue presque en face (l'actuelle rue Alfonso Reyes) qui s'appelait alors Juanacatlán du nom de la ville du Jalisco qui vient lui-même du mot nahuatlXonacatlán signifiant « lieu d'oignons » ou selon d'autres versions « lieu de papillons », c'est pourquoi le logo de la station représente un papillon.
Le bâtiment au-dessus de la station abrite les bureaux du Syndicat des travailleurs du métro. Les fenêtres de ces bureaux représentent l'avant d'une rame de métro. La station s'étend sous l'avenue Pedro Antonio de los Santos.
Juanacatlán sert de terminus à la ligne 1 d' à novembre de la même année, avant que la ligne soit prolongée à Tacubaya.
