Il est conseiller municipal de Malaga entre 1995 et 1999 lors du mandat de maire de Celia Villalobos. Il cumule ce mandat local avec celui de député au Parlement d'Andalousie de 1996 à 2000.
Entre 2000 et 2004, il est député pour la Cantabrie au Congrès des députés. En 2007, il est élu député pour Malaga et le reste jusqu'en 2011 où il est nommé secrétaire d'État chargé des Services sociaux et de l'Égalité. En 2014, il quitte son portefeuille après avoir été élu à la présidence du PP andalou et désigné candidat à la présidence de la Junte d'Andalousie. Cependant, le score obtenu par le PP lors des élections régionales de ne lui permet pas de prétendre à la présidence autonomique.
Le , il est désigné sénateur par la Xe législature du Parlement d'Andalousie. Il démissionne le dans le but de se consacrer pleinement à son rôle de chef de l'opposition régionale et désigne Toni Martín pour le remplacer au Sénat.
Le , il annonce la dissolution du Parlement andalou et la convocation des élections anticipées pour le suivant[2]. Il remporte une majorité absolue de 58 sièges, ce qui lui permet d'être réélu président de la Junte le suivant et de former son deuxième gouvernement le [3].
Le , Juan Manuel Moreno annonce la suppression en Andalousie de l'impôt sur le patrimoine, lequel portait sur les biens immobiliers ou financiers d'une valeur supérieure à 700 000 euros. D'après lui, l'Andalousie deviendra ainsi la « deuxième région avec le moins d'impôts d’Espagne, derrière Madrid » et « cela attirera l'investissement et incitera des personnes à établir leur résidence fiscale en Andalousie ». Le gouvernement espagnol a en revanche critiqué cette concurrence fiscale pratiquée par certaines régions, jugeant qu'elle portait atteinte à l'équilibre entre les territoires[4].
↑(es) Daniel Cela et Antonio Morente, « Moreno, investido presidente de Andalucía con la mayoría absoluta del PP y la abstención “afectuosa” de Vox. », ElDiario.es, (lire en ligne)
↑« En Espagne, les baisses d’impôts dans les régions tenues par la droite irritent le gouvernement de gauche », Le Monde.fr, (lire en ligne)
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