Entre 2007 et 2013, sa carrière se poursuit tantôt au Pérou (retour au Sporting Cristal, puis José Gálvez FBC et Cienciano del Cusco), tantôt à l'étranger (Caracas FC, Atlético Huila, Al-Qadisiyah et Guarani FC). Il termine sa carrière dans son pays natal en jouant notamment pour le Sport Boys entre 2014 et 2015, puis le Sport Victoria, son dernier club, en 2017.
Carrière en sélection
International péruvien à 15 reprises entre 2003 et 2012[2], Juan Cominges participe notamment aux tours préliminaires pour les Coupes du monde de 2006 (sept matchs), 2010 (un match) et 2014 (un match).