João Bernardo Vieira II est diplômé en droit à l'Universidade Lusídas Lisboa au Portugal et titulaire d'une maîtrise en développement international durable à l'Université Brandeis aux États-Unis.
En 2004, Vieira commence sa carrière dans la fonction publique au sein du ministère du commerce. À ce titre, il représente la Guinée-Bissau dans les négociations commerciales multilatérales de l'Organisation mondiale du commerce.
Il a bénéficié de plusieurs formations à Genève offerts aux pays les moins avancés. En 2011, après un concours national, il est sélectionné pour servir en tant que membre du conseil d'autorité réglementaire nationale, un organisme chargé de réglementer le secteur des télécommunications et le secteur de l'internet où il sert pendant trois années.
Après la victoire de son parti lors des élections en 2014, il devient, à 37 ans, le plus jeune membre du gouvernement comme secrétaire d'État aux Transports et des Communications.