Au service de Joaquín de la Pezuela il tient la forteresse de Callao et résiste à l'escadre commandée par Thomas Cochrane. Mais devant l'avancée de l'armée des patriotes de San Martín sur Lima, le vice-roi fuit la capitale en juin 1821 laissant à José de La Mar la consigne de tenir la forteresse de Callao. Cependant encerclé sur mer et sur terre, il est contraint de signer la capitulation le 19 septembre 1821.
Jugeant qu'il avait rempli ses engagements à la cause du roi, il rejoint la cause des patriotes.
Pour l'indépendance
En il est nommé commandant général de la province de Guayaquil. Il obtient la reddition du commandant royaliste Villegas et la province est annexée par Simon Bolivar à la Grande Colombie.
Élu député de la province de Huaylas, La Mar est présent au premier congrès constitutif du Pérou le , 1822. Il est nommé le lendemain à la présidence de la Junte gouvernementale qui succède au protectorat de José de San Martín. A ce titre il est considéré comme le premier président constitutionnellement élu du Pérou bien que la charge eut été collégiale. Le , la mutinerie dite de Balconcillo renverse la Junte et porte au pouvoir José de la Riva Agüero.
Avec la fin de l'influence bolivarienne au Pérou, José de La Mar reprend ses fonctions en tant que président constitutionnel du Pérou le . Pendant son mandat de deux ans, il eut à lutter contre les intrigues d'Agustín Gamarra, Antonio Gutiérrez de la Fuente et Andrés de Santa Cruz. Il promulgua la Constitution de 1828 et dut affronter deux guerres extérieures contre la Bolivie et la Grande Colombie.
Le , José de La Mar est renversé par un coup d'État ourdi par Gamarra et Gutiérrez de la Fuente. Exilé au Costa Rica, il meurt à Carthage en 1830. Ses restes sont ultérieurement rapatriés et enterrés au cimetière de Lima.
