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En 1899, une guerre civile éclate alors que le statut de capitale de Sucre est remis en cause. À ce moment, les libéraux de Pando se joignent au mouvement voulant faire de La Paz la capitale. Ils proposent également de faire du pays une république fédérale, recueillant un appui populaire considérable, probablement dopé par une certaine fatigue de l'électorat envers le pouvoir conservateur en place depuis 1884. Pando devient président.