C'est en 1995, à l'âge de treize ans, que Jonida commence sa carrière, en participant au Festivali I Këngës, en duo avec le chanteur Aleksandër Rrapi, avec la chanson Planeti i fëmijëve. Elle participera de nouveau en 1997, en duo avec Kastriot Tusha. Le duo interprètera Flas Më ëngjellin tim, une chanson en hommage à Mère Teresa. Elle participera une troisième fois en 1999, cette fois en solo, avec la chanson Do jetoj pa ty, qui finira à la deuxième place du Festival[2].
Jonida Maliqi a également joué le rôle de Juliette dans la version comédie musicale albanaise de Roméo et Juliette, aux côtés d'Alban Skënderaj. Elle a également présenté la quatrième saison de Dancing With The Stars Albania, la version albanaise de Danse avec les stars, et a été coach dans la version albanaise de The Voice[3].
Elle participe au Concours Eurovision de la chanson 2019, qui se déroule à Tel Aviv en Israël, à la suite de sa victoire au cinquante-septième Festivali I Këngës, avec sa chanson Ktheju tokës ("Retour à la terre")[1]. Elle se classe à la neuvième place de la seconde demi-finale du , avec 96 points[4]. Elle participe donc à la finale le , où elle obtient 90 points, se classant dix-septième sur vingt-six finalistes[5].
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