1997 : Young Artist Awards de la meilleure performance pour un jeune acteur âgée de moins de 10 ans dans une comédie dramatique pour Jerry Maguire (1996).
2000 : Young Artist Awards de la meilleure performance pour un jeune acteur âgée de moins de 10 ans dans une comédie d'aventure pour Stuart Little (1999).
2001 : Young Artist Awards de la meilleure performance pour un jeune acteur âgée de moins de 10 ans dans une comédie d'aventure pour Le Petit Vampire (2000).
Dans l'épisode 3 de la saison 9 de Les Griffin (Family Guy), le nom de Jonathan Lipnicki est évoqué. Celui-ci fait une brève apparition sous la forme d'un adolescent au physique repoussant : les auteurs insinuent de manière humoristique qu'il n'est plus aussi mignon que dans ses jeunes années.
Dans l'épisode 17 de la saison 2 de American Dad, Steve Smith se fait passer pour un employé de Jonathan Lipnicki, et prétend avoir été engagé pour vérifier que les oreillers des hôtels dans lesquels il descend sont suffisamment grands pour sa grosse tête.
Au Québec, dans le film Le Petit Vampire sorti en 2000, il est doublé par Xavier Dolan. Dans Le Petit Stuart, c'est Xavier Morin-Lefort qui lui prête sa voix.