1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 18 octobre 2022
Arrivé en fin de contrat à l'issue de la saison 2019-2020, le Rangers FC décide ne pas prolonger son contrat, à l'instar de cinq autres joueurs du club[4].
Arrivé en fin de contrat à la fin de la saison, le club belge décide de ne pas prolonger le joueur. Jon Flanagan n'aura joué aucun match pour les Zèbres.
Le 15 juillet 2021, il s'engage en faveur du HB Køge, au Danemark.