Azkue a d'abord joué pour JD Arrate, avec qui il a fait ses débuts dans la Liga Asobal, lors de la saison 2010/2011[2]. Lorsque le club a été liquidé, il a rejoint le Bidasoa Irun en septembre 2011[5]. Il a participé à des compétitions européennes avec l'équipe d'Irun[1].
En décembre 2022, il annonce son départ d'Irun après la saison 2022/2023[5].
Le club français du Limoges Handball le signe pour deux ans à partir de juillet 2023[6].
Équipes de sélection
Jon Azkue faisait partie de l'équipe jeunes espagnoles.
Azkue a ensuite fait ses débuts dans l'équipe nationale junior d'Espagne le 18 octobre 2011 lors d'un match à Kolding contre la sélection suédoise (24-25). Il participe alors avec l'équipe au Championnat d'Europe U-18 2012 et au championnat du Monde U-19 2013. Il a participé à 38 matchs de sélection avec les jeunes et a marqué 80 buts.
Le 10 janvier 2014, Azkue figurait pour la première fois dans l'équipe nationale junior lors d'un match à Baunatal contre la France (25-26). Avec les juniors espagnols, il a participé aux Championnats d'Europe U-20 2014, dans lesquels l'Espagne a terminé troisième, ainsi qu'au Championnat du monde 2015. Il a marqué 101 buts en 38 matchs juniors.