En 2001, Johnny Hoogerland court au sein de l'équipe Rabobank en catégorie junior. Il remporte le Tour des Flandres de cette catégorie[2]. Il termine l'année à la huitième place du Challenge mondial juniors de l'UCI[3], en prenant notamment la troisième place du GP Général Patton[4] et la quatrième place des Deux jours du Heuvelland[5]. Au mois de septembre, il est renvoyé de l'équipe Rabobank en raison d'un contrôle antidopage révélant un ratio testostérone/épitestostérone trop élevé[6]. Une expertise réalisée au laboratoire de Cologne conclut cependant à une production naturelle de son corps et non à un apport exogène[7].
En 2003, Johnny Hoogerland est membre de l'équipe Domo-Farm Frites, réserve de l'équipe de première division. En 2003, il court chez Quick Step-Davitamon-Latexco, équipe de troisième division (GSIII) et réserve de l'équipe de première division Quick Step. Il est troisième du Paris-Tours espoirs en 2003.
En février 2011, il prend la troisième place du classement général de l'Étoile de Bessèges. En juillet, il participe pour la première fois au Tour de France, avec pour objectif d'y remporter une étape[9]. Il revêt le maillot à pois au terme de la 6e étape avant de le perdre deux jours plus tard. Lors de la 9e étape, dans le département du Cantal, il est heurté, ainsi que Juan Antonio Flecha, par une voiture siglée France Télévisions[10],[11]. Il est violemment propulsé contre les fils barbelés d'un champ. En , il reçoit des compensations financières pour cet accident de la part de la compagnie d'assurance de France Télévisions[12]. Il termine attardé à seize minutes du vainqueur Luis León Sánchez mais reprend le maillot à pois[13] et remporte le prix de la combativité avec Juan Antonio Flecha. Il reçoit trente-trois points de suture après avoir terminé sa chute dans des fils de fer barbelé[14]. Il garde cette fois le maillot à pois pendant trois jours, puis le cède à Samuel Sánchez à l'issue de la première étape pyrénéenne.
En février 2013, Hoogerland est renversé par une voiture durant un entraînement en Espagne. Transporté en soins intensifs, il souffre de fractures à la colonne vertébrale ainsi qu'à cinq côtes et a également des lésions au foie[15]. Hoogerland revient en compétition à la fin du mois d'avril à l'occasion du Tour de Romandie[16]. Deux mois plus tard, il gagne le Championnat des Pays-Bas sur route en solitaire[17].
En 2014, il s'engage avec l'équipe Androni Giocattoli-Venezuela sans réaliser de bons résultats : son meilleur classement étant une huitième place sur la Classique d'Ordizia. Début 2015, il déplore sur Twitter que son salaire du mois de décembre ne lui a pas été versé en intégralité[18]. Son ancien employeur décide de le poursuive pour diffamation[19].
Il rejoint en 2015 l'équipe Roompot, la nouvelle équipe continentale professionnelle néerlandaise, qui prend le nom de Roompot Oranje Peloton au cours du mois de mars. Il décide de mettre fin à sa carrière professionnelle au deuxième semestre 2016[20].
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