John Simon est né à Londres. Fils de Louis Michael Simon, un agent de change, et Mathilde Nonnet[1]. Il est le sixième des quatorze enfants de Louis issus de deux mariages[2]. Sa carrière médicale commence en 1833 quand il devient un apprenti chirurgien sous la supervision de Joseph Henry Green(en). Il fait ses études au King's College et sa pratique à l'hôpital St-Thomas à Londres[1],[2]. En 1838 , il devient un membre distingué (fellow) du royal College of Surgeons(en)[3]. En 1845 , il remporte le prix Astley Cooper pour un essai intitulé Physiological Essay on the Thymus Gland (Essai Physiologique sur le Thymus); il est élu membre de la Royal Society la même année[1].
Au milieu du XIXe siècle, le gouvernement prend des mesures pour promouvoir la santé publique; la Loi sur la santé publique de 1848 a été adoptée et un conseil général de la santé fut créé. La même année, Simon a été nommé médecin hygiéniste pour Londres pour la Commission des égouts de la Cité de Londres[1]. Il conserva cette fonction jusqu'en 1855. Le Conseil général de la santé a été réorganisé en 1853 et Simon en devint le médecin-chef du conseil d'administration en 1855[1],[4]. Le Conseil général s'est dissous en 1858 et le rôle de Simon en tant que médecin-chef fut transféré au Conseil privé[4].