Sa position idéologique au sein du Parti libéral n'est pas bien définie à ce stade. Il s'oppose à l'avortement, mais ses opinions sur d'autres questions sociales ne sont pas toujours conservatrices. Lors du débat national sur la peine capitale en 1986, il est l'un des parlementaires le plus férocement opposé à tout retour de la peine de mort. Il est réélu sans difficulté lors de l'élection de 1988.
Marginalisation
Lorsque John Turner démissionne en tant que chef libéral, Nunziata tente de lui succéder dans la course à la chefferie libérale de 1990. Incapable de développer une forte base politique, il se classe cinquième, derrière tous les autres candidats.
Lors de la campagne électorale de 1993, Nunziata critique le chef libéral Jean Chrétien pour avoir imposé Art Eggleton en tant que candidat de la circonscription de York-Centre au lieu d'un candidat local. Obligé de retirer ses propos et de prêter allégeance au chef, il est exclu du conseil des ministres après l'élection des libéraux avec un gouvernement majoritaire. Nunziata est le seul membre du Rat Pack à ne jamais être inclus dans le cabinet.
Il critique de plus en plus le gouvernement et ses opinions sociales sont plus conservatrices que la ligne du parti en général. Le , il est expulsé du caucus après avoir voté contre le budget du gouvernement dans le but de protester contre le maintien de la Taxe sur les produits et services, ce qui allait à l'encontre des promesses électorales du Parti libéral.
Député indépendant
Malgré les difficultés pour un indépendant d'être élu à la Chambre des communes, Nunziata se présente en tant qu'indépendant et est réélu lors de l'élection de 1997 sans l'appui d'aucun parti. Il défait la conseillère torontoise Judy Sgro par 4 431 voix pour retenir sa circonscription, devenant alors le seul indépendant dans la législature. Les affiches électorales qu'il emploie sont dans la même teinte de rouge que celles du Parti libéral, et plusieurs électeurs le considèrent comme un libéral indépendant.
Après l'élection de 1997, ses opinions sur divers sujets se rapprochèrent du Parti progressiste-conservateur et de l'Alliance canadienne et il participe à la campagne de la progressiste-consevsatrice Anna-Marie Castrilli lors de l'élection provinciale ontarienne de 1999. Il se ravise sur la question de la peine capitale et prend position en faveur. Des rumeurs circulent en 2000 selon lesquelles il songe à adhérer à l'Alliance canadienne, mais elles s'avèrent non-fondées.[1]
Des rumeurs circulent également voulant qu'il se présente contre Mel Lastman à la mairie de Toronto lors de l'élection municipale de 2000, mais Nunziata renonce à cette idée puisqu'il ne pouvait garder son siège aux communes s'il décidait de faire campagne pour la mairie.
En 2000, il est battu par le libéral Alan Tonks ; certains attribuent sa défaite à la perception qu'il était devenu trop conservateur pour la ville de Toronto.
Candidat à la mairie de Toronto
En 2003, il tente de se faire élire à la mairie de Toronto en tant que candidat favorable à la loi et l'ordre. Il promet d'appuyer les forces policières et de débarrasser les rues des itinérants. Subissant des revers contre John Tory, il termine cinquième dans la course avec cinq pour cent des votes.
Nunziata essaye de revenir en politique fédérale en étant candidat du Parti conservateur du Canada pour la circonscription de York-Sud—Weston lors de l'élection fédérale canadienne de 2004|élection fédérale de 2004, mais il ne réussit pas à remporter l'investiture du parti.
