Lorsque son Régiment est rappelé en Angleterre, il demeure au Canada et tente d'opérer une ferme à Kingston avant de devenir marchand et épicier. Marié en 1819, il devient directeur de la Commercial Bank of the Midland District, de la Kingston Building Society, de la Mutual Fire Insurance Company of the Midland District, de la Kingston Waterworks et de la Kingston Gas Light Compagny. Élu conseiller du canton en 1836, il sert également comme juge de paix. Mowat est également officier du bataillon de Kingston[2].
En 1829, il fait partie du groupe qui convainc le révérend John Cruickshank d'ouvrir une école à Kingston et qui deviendra l'Université Queen's. Il siégera alors dans le premier conseil d'administration du collège[1].