Diplômé à l’école de pharmacie de Pittsburgh en 1881, il travaille comme pharmacien. Il se marie avec Martha Tisher en 1888. En 1897, il devient gardien au musée du Jardin botanique de New York. Il reçoit, en 1895, un titre honoraire de docteur en pharmacie.
Jesse More Greenman (1867-1951) lui a dédié le genreShafera en 1912. Ignaz Urban (1848-1931) lui a dédié le genre Shaferocharis la même année. En outre, diverses plantes qu’il a été découvertes lui ont été également dédiées.