J.J. Smith part à Java en 1891 où il devient conservateur assistant au Jardin botanique de Buitenzorg, près de Batavia (aujourd’hui Bogor). Il fait plusieurs expéditions à Java, dans les Sulawesi (aujourd’hui Sulawesi), les îles Ambon et les Moluques. En 1905, il est promu assistant à l’herbier. À partir de cette date et jusqu’en 1924, il fait de nombreux voyages dans les Indes orientales néerlandaises, principalement à Java pour y récolter des végétaux, décrire et catalogue la flore de cette région. En 1910, il reçoit un titre de docteur honoris causa de l’université d'Utrecht. Il devient directeur du Jardin botanique de Buitenzorg en 1913, fonction qu’il conserve jusqu’en 1924. Il retourne alors dans les Pays-Bas et s’installe d’abord à Utrecht, puis à Oegstgeest près de Leyde. Il continue de travailler sur les orchidées presque jusqu’à sa mort en 1947.
(nl) 1894-1914 : avec S.H. Koorders et Theodoric Valeton (1855-1929), Bijdrage n° 1 [-13] tot de kennis der boomsoorten op Java. Additamenta ad cognitionem Florae javanicae… (G. Kolff, Batavia & ‘s Gravenhage, 13 volumes) — J.J. Smith est l’unique auteur du douzième volume, le treizième volume est collaboration avec Theodoric Valeton.
(nl) 1917 : avec divers collaborateurs : 's Lands Plantentuin Buitenzorg. Gedenkschrift ter gelegenheid van het honderdjarig bestaan op 18 mei 1917. Eerste gedeelte. (Buitenzorg)
(nl) vers 1925 : Geïllustreerde gids voor 's Lands Plantentuin Buitenzorg pp 60 pb (Buitenzorg)
