Johann Friedrich est issu d’une ancienne famille protestante, fils de Friedrich Heinrich Jacobi, fabricant de textile et écrivain philosophe à Düsseldorf, et de Hélène Élisabeth von Clermont (1742-1784). Les familles Jacobi et von Clermont, riches familles de drapiers, sont très liées. Quatre von Clermont, enfants d'un oncle de Johann Friedrich, se sont mariés à quatre cousins germains de la famille Jacobi. Jean Frédéric épouse en 1787 à Vaals (actuel Pays-Bas) Johanna Catharina Louisa von Clermont (1763-1844), également descendante de la famille Krupp par sa grand-mère[1],[2].
Johann Friedrich est manufacturier, fabricant de draps à Aix-la-Chapelle. En , Johann Friedrich est membre d'une commission qui étudie la fondation d’une maison de travailleurs indigents à Aix-la-Chapelle auxquels les fabricants de textile doivent fournir le travail. Plus tard, le sous-préfet Dorch considère Jacobi comme grand bienfaiteur des pauvres d'Aix-la-Chapelle[3]. En cela, Johann Friedrich est un adepte de la philosophie de son père Friedrich Heinrich[4].
République cisrhénane
Au temps de la République cisrhénane (1797-1801), Jacobi est président de l'administration municipale d'Aix-la-Chapelle (Munizipalpräsident) de 1798 à 1800 [5]. Il a eu quelques démêlés sur la religion avec le général de division Turreau, alors commandant des troupes se trouvant dans le département de la Roer[6].
Pendant la période française, il reste président du Conseil de préfecture de la Roer. Il est préfet intérimaire du département à deux reprises entre 1801 et 1802, d'abord pendant la maladie du préfet Sébastien Simon, ensuite à partir de la nomination du préfet Rulhières, qui meurt avant d’avoir occupé ce poste, jusqu’à l’arrivée du préfet Alexandre Méchin. Jacobi est encore préfet intérimaire de septembre à en attendant l'arrivée de Jean-Charles-Joseph Laumond, successeur du préfet Méchin[7].
La règle veut que l'on ne peut devenir préfet de son propre département. Ainsi, lorsque Jacobi est nommé préfet du département de l'Ain le , celui-ci refuse ce poste. En 1803, Jacobi est président de l'assemblée cantonale d'Aix-la-Chapelle puis, en 1804, président du collège électoral du département de la Roer. La même année, l'impératrice Joséphine vient séjourner à Aix-la-Chapelle. Pour la loger avec sa cour, l'empereur Napoléon, en route pour Mayence, achète la maison du conseiller de préfecture Jacobi (appartements d'habitation et ateliers), selon les journaux « un des plus beaux bâtiments qui décorent la ville ». C'était un bâtiment à 3 étages, construit en 1754 par son beau-père Johann-Arnold von Clermont. Mais Napoléon, trouvant le bâtiment trop petit, fait déménager son épouse à l'hôtel de préfecture[8],[9].
À partir de 1807, il est président du consistoire d’Augsbourg à Cologne pour les départements de Rhin-et-Moselle et de la Roer[10]. Le , il est désigné par le Sénat conservateur pour représenter le département de la Roer au Corps législatif.
La chute de l'Empire
En , les Prussiens arrivent devant les portes de Paris. Pendant la séance du Corps législatif du , Jacobi est le premier à voter la déchéance de l'empereur et prononce un discours dans lequel il déclare ne plus être Français et il « termine ce discours avec la conclusion que, puisque Napoléon Buonaparte a déchiré le pacte constitutionnel par d'innombrables infractions, je me considère de mon côté relevé de fait de l'obligation de serment de fidélité[11] ».
En 1815 il est membre du conseil du gouvernement prussien dans les provinces du Bas-Rhin.
Andreas Becker: Johann Friedrich Jacobi und die napoleonische Kirchenpolitik im nördlichen Rheinland, in: Düsseldorfer Jahrbuch, Düsseldorf 2012, S. 109–129