Johann Ernst von Thun und Hohenstein est ordonné prêtre en 1677 et élu le évêque de Seckau. Il reçoit l'ordination épiscopale de l'archevêque de Salzbourg Maximilian Gandolph von Künburg l'année suivante. Il est élu archevêque de Salzbourg le .
D'un autre côté, il affiche une antipathie pour les personnes des pays latins. En 1690, un décret exclut de la citoyenneté les Savoyards et les Walh. C'est pourquoi Giovanni Gaspare Zuccalli abandonne la construction de l'église Saint-Gaëtan.
Johann Ernst von Thun und Hohenstein est enterré dans la crypte de la cathédrale.