En 1960 il est élu au Sénat du Nouveau-Mexique. Il y siège jusqu'en 1970 et devient le chef de la minorité républicaine[3]. Il préside le Parti républicain du Nouveau-Mexique de 1962 à 1965[1]. Il se présente sans succès au poste de lieutenant-gouverneur en 1970[4]. Candidat au poste de gouverneur en 1974 et 1978, il est battu par les démocrates Jerry Apodaca et Bruce King[3].
En 1980, le représentant démocrate conservateur Harold L. Runnels(en) meurt à quelques semaines des élections. Les démocrates nominent le neveu du gouverneur King, David King, au détriment de la veuve du représentant. Les républicains, n'ayant pas inscrit de candidat face à Runnels, doivent présenter un candidat write-in ; ils choisissent Joe Skeen. Ce dernier est élu représentant avec 38 % des voix devant King et Dorothy Runnels, elle-aussi candidate write-in[5].
Skeen est réélu tous les deux ans jusqu'en 2002, année où il ne se représente pas[1]. Il est alors la personnalité ayant le plus longtemps représenté le Nouveau-Mexique à la Chambre des représentants[3]. Au Congrès, il défend les positions des industries agricoles et minières face aux écologistes ; il œuvre notamment pour l'ouverture du centre de stockage de déchets radioactifs de Waste Isolation Pilot Plant[2].
