Le , il signe trois coups de circuit au cours d'un même match face aux Boston Red Sox. Il renouvellera cette performance en 1987, deux fois en 1989 et une dernière fois en 1993.
A Toronto, Carter atteint son optimum et remporte deux World Series. Sélectionné cinq fois au match des étoiles de 1991 à 1994 et en 1996, il est troisième du vote du MVP de la saison en 1992 et cinquième en 1991.
Joe Carter devient commentateur des matches des Toronto Blues Jays en 1999 puis passe chez les Chicago Cubs en 2001 où il assure les commentaires pendant deux saisons.
