Né à Rosario en Argentine, Joaquín Mosqueira est formé par le Unión Santa Fe. Il joue son premier match en professionnel le , lors d'une rencontre de championnat face au CA Belgrano. Il entre en jeu et son équipe s'incline par trois buts à zéro[1],[2].
Il signe son premier contrat professionnel avec l'Unión le 21 avril 2023, le liant au club jusqu'en décembre 2025[3].