Lors de l'élection royale de 1697, il soutient la candidature de François-Louis de Bourbon-Conti, mais se fait allégeance à Auguste II lorsque celui-ci est élu en .
Le , lors de la guerre civile lituanienne qui oppose la famille Sapieha au reste de la noblesse, il ne participe à la bataille d'Olkieniki, en raison de sa maladie. Dans les années 1701-1702, il reste à Varsovie, essayant sans succès de restaurer l'influence des Sapieha. En raison de cet échec, il se range, en 1702, dans le camp de Charles XII de Suède qui envahit la Pologne. et fait élire Stanislas Leszczynski le . Sapieha fait alors allégeance au nouveau roi et confirme la Pacta Conventa. En 1707, il est nommé voïvode de Trakai.
Le , Charles XII est battu par Pierre Ier le Grand à la bataille de Poltava. Stanislas est chassé du trône de Pologne. Sapieha se réfugie alors en Prusse où il demeure jusqu'en 1713. À son retour il tente sans grand succès de récupérer une partie du patrimoine familial et de revenir en politique. Ce n'est qu'en qu'il est nommé voïvode de Mstsislaw.
Mariages et descendance
Il épouse Izabela Elena Połubińska, fille d'Aleksander Hilary Połubiński, puis en secondes noces Teodora Sołtan qui lui donne pour enfants:
